1978年12月召开的中共十一届三中全会和全会形成的以邓小平同志为核心的中央领导集体，承担起艰巨的使命，实现了伟大的历史性转折，开创了我国社会主义事业发展的新时期。自十一届三中全会以来，校党委遵循党的基本理论和“一个中心，两个基本点”的基本路线，领导交大人积极地对十年动乱进行全面拨乱反正，坚持四项基本原则，加强党的建设和思想政治工作，虽然在1986年冬出现过资产阶级自由化思潮，学校发生过学潮，特别是1989年春夏之交发生了动乱，但由于党中央和上级党组织的正确决策和领导，全校上下共同努力，及时制止了学潮和动乱，保持了学校安定团结的政治局面，并为上海市的稳定赢得了时间。校党委坚持改革开放、开拓进取，率先在高等教育改革方面进行了有益的尝试和探索。1984年2月16日，邓小平亲切接见了上海交大的主要领导干部和教授、学生代表，对我校探索高等教育管理改革取得的显著成效表示满意。同年5年，上海交大的名字又出现在国务院总理的《政府工作报告》中，作为全国高校管理制度改革的典型予以肯定上海市委专门发文件介绍上海交大的管理改革经验，要求各级党组织“学习他们的好经验”推动本系统、本地区、本单位的改革工作。从而使这所百年老校获得了率先探索高校管理改革的殊荣。尔后又不断深化改革，经过“七五”、“八五”期间的重点建设以及实施与电力部联合办学等重大步骤，学校获得了前所未有的发展。1992年5月29日，中共上海交通大学第六次代表大会，对党的十一届三中全会以来学校改革与建设作了回顾总结。认为这10多年来是交大历史上发展最快、最好的时期，概括起来:规模成倍扩大，水平显著提高，发展令人瞩目。从原来一度成为以造船为主的工科院校发展成为以理科为基础、工科为重点、兼有管理科学和人文社会科学，多门类的，传统学科与新兴学科并举的综合性大学，并被列为全国重点大学中国家重点投资建设的大学之一。

　　1996年，交大迎来百年华诞，4月8日来自五湖四海的校友宾朋近2万人聚集上海体育馆，同庆交大百年的辉煌和荣耀。学校穿越历史烟云、饱经世事沧桑，经历了创业之艰辛、发展之坎坷、收获之丰硕，终于迎来世纪华诞。百年校庆是一次辉煌的盛典，既是对学校百年发展的总结，也是向社会展示交大办学成就的舞台，更是未来百年新的起点。

　　1998年1月，在党的十五大召开之后我国改革开放和社会发展进入快速发展时期，学校召开了第七次党员代表大会。这是世纪之交，承前启后，继往开来的大会。党委书记王宗光书记向大会作了《抓住机遇，开拓进取，为创建世界一流大学而努力奋斗》的工作报告，确定了“创建世界一流大学”的跨世纪奋斗目标，提出了从“九五”到“十五”期间学校建设发展的基本要求，作出了“三年有标志，五年大变样，十年创一流”的战略部署。会议提出要实现一流目标必须采取“高起点、超常规、跨越式”发展战略。

　　参加会议的正式代表275位，列席代表90位。23人当选党委委员，11人当选纪委委员。新一届党委和纪委分别召开第一次全体会议，选举常委9人，王宗光继续担任党委书记，陶爱珠、潘永华、陈龙三人任副书记；纪委选举王永华为纪委书记。

　　第七次党代会后，学校党政领导最主要的精力就是争取进入985工程学校。“985工程”是国家立足于建设若干所世界一流大学的重大举措，是中国高等教育有史以来最大规模建设。改革开放以来，学校办学投入相对不足的景况始终未能根本改变。因此，争取列入985工程，意味着可以进入中国高教的第一方阵，在全校师生共同努力下，最终成为985工程建设第一批9所院校之一，被称为“重中之重”，从1999年到2001年教育部和上海市给交大分别投入6亿人民币，保证学校各项事业大踏步前进。

　　2001年起，学校党委又开始为21世纪的发展寻找新的合作模式和发展空间，实现与民营企业紫江集团、闵行区政府合作，共建上海紫竹科学园区。园区包括研发基地、大学园区和浦江森林半岛3部分。其中大学园区部分除上海交大外还有华东师范大学，交大闵行校区在原有规模基础上向东、向北再新征土地2600多亩，形成近5000亩的大型校园，以超前的举措赢得空间发展的主动。经过几年的基本建设，2006年学校已完成办学重心向闵行转移。在一片崭新的沃土，构筑新的百年梦想。

　　2004年12月，在我国跨入新世纪新阶段，学校改革发展进入一个新的关键时期，学校召开了第八次党员代表大会。党委书记马德秀代表第七届委员会作题为《振奋精神，开拓创新，为加快建设世界一流大学的进程而努力奋斗》的报告。王永华代表纪委作题为《全面推进党风廉政建设和反腐败工作，为学校改革、发展、稳定提供政治保证》的报告。会议代表通过分组讨论，审议并通过关于党委、纪委工作报告的决议。大会提出，要坚定不移的贯彻实施人才强校主战略、国际化战略、交叉集成战略、服务社会战略、加快闵行校区战略，力争到2010年若干学科达到世界先进水平，为建设综合性、研究型、国际化的世界一流大学打下坚实的基础；到21世纪中叶，全面实现建成世界一流大学的历史性奋斗目标。

　　共有294名代表出席大会，会议选举党委委员27人，纪委委员11人。新一届党委和纪委分别召开第一次全体会议，选举常委13人，马德秀为党委书记，苏明、潘敏、郑成良为党委副书记；纪委选举潘国礼为纪委书记。

　　在确定建设世界一流大学目标后，学校对世界一流大学的学科设置进行研究。综合性大学发展需要医学学科对其他学科的互相交融，医学学科的发展也需要其他学科的支撑和辅助。因此交大与第二医科大学的合并既是交大建设一流大学的需要，也是二医建设一流医学院的必然要求。两校之间较早就有医工科技合作，后经多方努力，2003年上海交大和上海二医大签署合作协议，上海二医大的部分学生在闵行上课，并在两校校门口都挂上对方的校牌，从而开始了较为紧密的合作。2005年7月18日，上海交通大学、上海第二医科大学正式合并。新的上海交通大学为教育部直属高校，在原上海第二医科大学和原上海交通大学医学院基础上，组建上海交通大学医学院。

　　上海交大与上海二医的强强联合，是我国高等教育改革和布局调整的又一重大举措，也是上海市实施“科教兴市”主战略的具体体现；是两校长期友好合作的结果，也是加快创建世界一流大学和一流医学院的理性选择。

　　当前，上海交大党委带领全校党员和师生员工，为把上海交通大学建设成为建设综合性、研究型、国际化的世界一流大学的目标而奋进。