1991年下半年起，校党委和行政领导回顾总结了十多年来的改革经验教训，从当时改革出现的许多新问题中敏锐地看到其根源并不完全在于体制，而很大程度在于缺乏良好的运行机制，于是，提出了《管理体制综合改革方案》着力于转换四个运行机制，即通过理顺体制、政策导向、思想教育、物质鼓励等措施，在组织领导方面健全科学决策机制；在劳动人事制度方面形成竞争机制；在分配制度方面强化激励机制；在经济管理方面发展校产，形成自我积累机制。以推进学校上一流水平，出大的效益，并提出了与这4个机制有机融合的12项改革措施。党委领导在1992年1月国家教委直属高校工作会议上介绍了这个思路，得到了与会同志的赞赏。国家教委批准上海交大为校内管理体制改革的试点单位。此后，认真逐项组织实施。校党委和行政领导在率先抓校内管理体制改革的同时，注意把调动起来的广大教职工的积极性引导到教学改革和科研改革上来。详情见第四、五篇。

1992年5月29日，中共上海交通大学第六次代表大会对中共十一届三中全会以来学校改革与建设作了回顾总结。一致认为这10多年来“学校事业获得了前所未有的发展”，“是交大历史上发展最快、最好的时期。概括起来：规模成倍扩大，水平显著提高，发展令人瞩目”；“从原来一度成为以造船为主的工科院校”发展成为“以理科为基础，工科为重点，兼有管理科学和人文社会科学的多门类的，传统学科与新兴学科并举的全国重点大学”。