1998年5月4日，江泽民总书记在庆祝北京大学建校100周年大会上向全社会宣告：“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学。”为贯彻落实党中央科教兴国的战略和江泽民同志的号召，教育部决定实施《面向21世纪教育振兴行动计划》，重点支持若干所高校创建世界一流大学和高水平大学，简称“985工程”。“985工程”是继“211工程”之后，我国在国力相对薄弱的情况下，对高等教育的更大规模投入，希望在不远的将来，建设一批可以与世界一流大学对话和竞争的中国自己的一流大学。全国有许多重点大学，但能成为“985工程”建设的学校毕竟是少数，被称为“重中之重”。对上海交大而言，这更是一次难得的机遇和考验。交大人以积极姿态迎接这一挑战，抓住这一历史机遇，以自己的实力和智慧跻身“985工程”建设行列。1998年7月27日，教育部和上海市共同签署协议，决定从1999年到2001年，教育部和上海市分别给上海交大投入6亿元人民币，推动学校向世界一流大学方向发展。上海交大成为第一批进入“985工程”建设全国9所高校之一。

此前上海交大在“211工程”建设中，从国家教委和上海市获得投资2.85亿元（含自筹0.45亿）。在学科布局调整、办学基本设施改善、师资队伍建设等多方面都取得很大成绩。面对“985工程”更大规模的投入，党委书记王宗光在接受校报记者采访时谈到：“我们必须看到，我们获得的重点投资还是在国家不太富裕的情况下分得的难得一份，千万要珍惜并用好重点投资。”为了使用好这份来之不易的经费，全校上下高度重视。在党委直接领导下，1999年1月至6月分别进行学科建设大讨论和21世纪大学校园规划研讨，召开创造性人才培养会议和研究生教育工作会议，于1999年8月制定《世界知名的高水平大学重点建设项目规划》，明确了建设世界知名高水平大学的目标、建设项目、建设内容、建设经费和项目规划的实施办法等等。根据这一规划，确定7个大的建设项目：重大科技攻关和技术创新基地建设、高水平的学科建设、创造性人才培养体系建设、数字大学建设、21世纪大学校园和精神文明建设、以都市型农业为特色的高水平农学院建设、安居工程。其中学科建设作为学校发展龙头投入4.6亿元，师资队伍建设和创新人才培养体系分别投入1.2亿元，21世纪大学校园和精神文明建设1.9亿元，数字化大学建设投入8千万元，安居工程2亿元。围绕这些建设内容最后共立项220个。学校专门成立“985工程”建设委员会、建设指挥部，负责项目立项、拨款、考核等工作，同时成立监理委员会。每个项目立项必须经过严格论证，建设成果经过专家组严格鉴定。项目经费使用必须接受审计部门严格审计。2001年9月至11月，全校对建设项目进行中期检查。2002年3月至4月，以项目部和学院为单位聘请专家组成31个专家组对全校220个建设项目进行评估验收。如果说“211工程”建设主要为创建一流奠定基础，那么1999年开始的“985工程”建设，学校更注重发展，为发展充实内涵、扩大规模。学科布局调整、师资力量加强、教学计划修订、科技创新平台建设等，都以创建一流大学为目标，实施“超常规、跨越式”发展战略。

图1 1998年9月23日，国务院副总理李岚清、教育部长陈至立视察交大

从1999年到2002年，经过3年的辛勤耕耘，学校建设“综合性、研究型、国际化一流大学”的进展顺利，人才培养、科学研究、社会服务等多方面都取得很大成就，专家对交大“985工程”一期建设给予很高的评价。认为：在教育部、财政部和上海市的支持下，经过全校师生员工的共同努力，学校全面、高质量地完成了“行动计划”三年建设的建设任务，实现了建设目标，建设成果突出，总体成效显著。学校的办学环境、师生员工的工作、学习、生活条件都得到了显著改善，学校的学科建设、人才培养、科学研究、产业化等各项工作上了一个新台阶。《面向21世纪教育振兴行动计划》使上海交大建设世界知名的高水平大学有了一个良好的开端。具体而言，上海交大教师队伍结构明显改善，引进和培养了一大批高水平学术带头人和中青年拔尖人才；不仅原来基础很强的学科得到了进一步的发展，一批新的重点建设学科也取得了重要进展，学科交叉在上海交大开花结果；教学环境和条件得到明显改善，人才培养综合素质得到不断提高；学校的总体实力显著增强，科研经费明显增加，SCI论文、EI论文、自然科学基金面上项目数等在全国高校的位置继续上升，取得了一系列具有较高显示度的标志性成果，为区域经济建设作出新贡献，国际合作办学攀上新台阶。

从2003年开始“985”第二期申报工作，学校经过对第一期工作的总结，对全校学科建设状况重新进行梳理，由学科与基地建设处汇总向教育部申请“985”二期投入，共确立船舶与海洋工程、系统生物医学、材料科学与工程、数字技术、制造科学与装备技术等5个I类科技创新平台、8个II类科技创新平台和2个哲学社会科学创新基地，2004年已由教育部、财政部正式批复列为“985”二期建设项目。